La Misión de Chile ante la Unión Europea tiene como objetivo representar los intereses de Chile ante las instituciones comunitarias (Parlamento, Consejo y Comisión Europea) y fortalecer y profundizar las relaciones con la UE, en el marco del Acuerdo de Asociación, suscrito en el año 2002 y vigente desde el 1 de febrero de 2003.
Asimismo, participa en el proceso de modernización del Acuerdo de Asociación, que se inició el 8 de noviembre de 2017, ocasión en la que el Consejo de la Unión Europea aprobó las Directivas para la Negociación de un Acuerdo de Asociación Chile-UE Modernizado.
Por otra parte, la Misión de Chile realiza una importante labor de prospección en áreas de trabajo de alto interés para el desarrollo del país como: desarrollo sostenible, ciencia y tecnología, sociedad de la información, energía, medioambiente, cambio climático, asuntos oceánicos y pesca, entre otros.
Finalmente, la Misión de Chile ante la UE tiene es la encargada de la preparación y ejecución de las visitas de autoridades nacionales a las instituciones comunitarias.